卧式杀菌锅的工作原理是利用压缩空气作为压力的圆筒体杀菌设备，适用于罐头，玻璃罐头的杀菌处理工作。

一般罐头食品厂对罐头作常压水煮加热杀菌处理时都采用本形式的卧式杀菌锅，设备通过引入压缩空气可实现反压杀菌。如冷却需在锅内进行，须用水泵打入锅顶部的喷水管（或采用水循环系统）。在杀菌时，由于加热使罐头温度升高，罐头内压力会高于罐外（在锅内）的压力。因此，为了避免杀菌时玻璃瓶罐内增压而跳盖，对马口铁罐两端面凸出，要施加反压力，对需要较高杀菌温度的肉类罐头也是如此。使用反压力杀菌，即是用压缩空气通入锅内增加压力，避免罐头凸罐和跳盖，其操作情况分述如下：由于压缩空气是不良导热体，况蒸汽本身又具有压力。因此，在杀菌时升温过程中，不放进压缩空气，而只在杀菌温度后处于保温时，才开放压缩空气入锅内，使锅内增加0.5～0.8个大气压。特经过杀菌后，降温冷却时，停止供应蒸汽，将冷却水压入喷水管。

以上就是卧式杀菌锅的工作原理，在使用过程中要注意看使用说明。